核酸OD值不達標?這份避雷指南快收好!

核酸提取一上午,一測比值2.5
說起這科研路,真是一臉辛酸

我們都知道用OD260/OD280的值判斷核酸純度
可這坑爹的比值是咋來的?
純DNA是1.8,純RNA是2.0,誰規(guī)定的?
答案很簡單:標準品測的
核酸、蛋白質(zhì)在紫外光下有特定的吸收峰,核酸(包括DNA和RNA)的最大吸收值在260 nm左右,主要是由于嘌呤和嘧啶中的共軛雙鍵造成。蛋白質(zhì)的最大吸收峰在280 nm左右,絕大部分是由色氨酸和酪氨酸引起的。此外,230nm處的吸光值能反映乙醇、GTC、GuHCl、EDTA、多糖等的含量。用純RNA的標準品進行吸光值測定,分別測得OD260和OD280處的吸光值,比值為2.0。同理,DNA的比值為1.8。

DNA的OD值要求及優(yōu)化方法
在實際應用中,一般對于DNA來說,OD260/OD280在1.7-1.9之間即可滿足絕大部分PCR檢測實驗需求。
當OD260/OD280>1.9時,有較大的概率是由于RNA殘留導致OD260處吸光值升高,跑一個瓊脂糖凝膠電泳一看便知。這個數(shù)值提示后續(xù)再進行DNA提取實驗時,可以用RNase 進行消化,消除影響。
當OD260/OD280<1.7時,通常是由于蛋白殘留造成的,通過瓊脂糖凝膠電泳檢測時,可觀察到點樣孔發(fā)亮。該狀況常見于溶液沉淀法DNA提取。
RNA的OD值要求及質(zhì)量優(yōu)化
對于RNA來說,OD260/OD280在1.9-2.1之間,即可滿足熒光定量PCR檢測實驗需求。
當OD260/OD280<1.9時,樣本中存在蛋白質(zhì)殘留,常見于trizol法提取RNA時,主要是操作中吸入了中間層導致的。在進行此類實驗時,吸取80%上清液即可,寧可少吸也不要吸到中間層。
當OD260/OD280>2.1時,RNA產(chǎn)生降解導致OD260處吸光值升高,通過瓊脂糖凝膠電泳檢測,可以看到泳道內(nèi)彌散的條帶。提示我們在RNA提取時應采用新鮮樣品,在無RNase的實驗環(huán)境下快速操作避免樣本降解。您也可以嘗試TIANGEN RNA Easy Fast系列RNA提取試劑盒,20 min內(nèi)就能快速完成RNA提取。
值得注意的是,pH及鹽離子對OD260/OD280值有一定影響,酸性溶液或水溶液比弱堿性緩沖液的OD260/OD280值低0.3-0.4。因此,核酸濃度及質(zhì)量評估時,應注意核酸稀釋液和洗脫液保持一致。
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如果核酸質(zhì)量鑒定結(jié)果不佳
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